Załoga Kameleona ratuje grupę rozbitków, którzy zostali ograbieni i wyrzuceni za burtę. Kapitan Fox domyśla się, że tego niecnego czynu mógł dokonać tylko Psiabroda, jego zaciekły wróg, który wiele lat temu porwał jego narzeczoną, Missy Foxtrot! Kapitan Fox wraz z załogą rzuca się w pościg za Czarnym Buldogiem, statkiem Psiej Brody. W księżycową noc, poprzedzającą pojedynek rywali, Ricky'emu Rat objawia się tajemnicza, przerażająca zjawa, która daje wskazówki, w jaki sposób można pokonać Psiąbrodę. Kapitan Fox wyrusza w kierunku Zapomnianej Wyspy, tam Psiabroda więzi Missy. Ale na drodze po raz kolejny staje Admirał Sybilla Snake, z którą załoga Kapitana Foxa musi stoczyć morską bitwę.