Książka jest efektem pracy zespołu badawczego, historyków z Papieskiej Akademii Teologicznej oraz Instytutu Pamięci Narodowej, opracowującego materiały zgromadzone w archiwach IPN, dotyczące prześladowania i inwigilowania Kościoła katolickiego. W pierwszym tomie umieszczono zarówno rozprawy poświęcone działalności Urzędu Bezpieczeństwa i Służby Bezpieczeństwa, jak i sylwetki osób duchownych inwigilowanych lub pozyskiwanych przez bezpiekę. Celem publikacji jest ukazywanie zarówno przykładów niezłomnej postawy Kościoła w okresie komunistycznej dyktatury, jak i przypadków zdrady oraz sprzeniewierzenia się swojemu powołaniu przez osoby duchowne. Książka została rozszerzona o opublikowane dokumenty Służby Bezpieczeństwa. W cytowanych dokumentach autorzy i redaktorzy ograniczyli swoje ingerencje do poprawy lapsus calami, błędów ortograficznych oraz wstawienia znaków interpunkcyjnych. W trakcie opracowywania tomu pierwszego zebrano też większość materiałów do tomu drugiego, który ukaże się w połowie 2007 r. Redaktorzy Studiów i materiałów przewidują opracowywanie i publikowanie kolejnych tomów, poświęconych przede wszystkim archidiecezji krakowskiej. Podstawą publikowanych prac będą dokumenty IPN, poddane gruntownej analizie i uzupełnione o inne źródła historyczne. W kolejnych tomach możliwe będzie umieszczenie polemik lub wyjaśnień, odnoszących się do tekstów opublikowanych w tomie poprzednim, pod warunkiem spełnienia wymogów naukowej rzetelności.