W Niedokończonym rozrachunku Goldhagen podejmuje dociekliwe śledztwo w sprawie udziału Kościoła katolickiego w Holokauście. Dyskusję skupioną dotąd na osobie Piusa XII przekształca w od dawna oczekiwane bezkompromisowe dochodzenie na temat działalności Kościoła w całej Europie, w tym w Polsce (sprawa Jedwabnego). Dowodzi, że współodpowiedzialność Kościoła i jego papieża za prześladowania Żydów sięga o wiele głębiej, niż wcześniej sądziliśmy. Hierarchowie byli w pełni świadomi prześladowań. Nie mówili o tym głośno i nie wzywali do oporu. Zamiast tego często prześladowania te popierali. Niektórzy duchowni nawet osobiście uczestniczyli w masowych mordach. Autor przedstawia także plan oceny moralnej Kościoła i kleru jako współwinnych Zagładzie - oceny opartej na standardach etycznych, jakie w naszym kręgu kulturowym powszechnie uznaje się za obowiązujące. Wiele uwagi poświęca pojęciu zadośćuczynienia i pokazuje, że Kościół nie chce uznać tego ciążącego na nim, zgodnie z jego własnym nauczaniem, obowiązku. Goldhagen analizuje stosowane przez Kościół taktyki służące uchylaniu się od obowiązku zadośćuczynienia i wylicza, co Kościół musi zrobić, aby naprawić krzywdę, jaką wyrządził Żydom, oraz uzdrowić się moralnie (postuluje m.in. niezbędne zmiany w ewangeliach).