"Podstawy mikrobiologii w teorii i praktyce" to skrypt napisany przez pracowników Zakładu Mikrobiologii Środowiskowej i Biotechnologii Uniwersytetu Mikołaja Kopernika. Wszyscy autorzy mają kilkunastoletni staż pracy jako mikrobiolodzy specjalizujący się w różnych dziedzinach mikrobiologii, jak na przykład mikrobiologia wody, mikrobiologia powietrza, czy aktywność enzymatyczna mikroorganizmów. Podręcznik ten jest przeznaczony szczególnie dla studentów i doktorantów biologii, ochrony środowiska, biotechnologii, rolnictwa i wielu innych kierunków studiów przyrodniczych, ale także może być także pomocny dla osób, które ukończyły studia, podjęły pracę w laboratoriach mikrobiologicznych i chciałyby odświeżyć swoją wiedzę i umiejętności. Skrypt składa się z trzech części zatytułowanych: Czym są drobnoustroje?, Techniki pracy mikrobiologicznej i Mikroorganizmy w środowisku, które zawierają informacje zarówno na temat budowy i metabolizmu mikroorganizmów, jak i ich aktywności w środowisku występowania. W podręczniku umieszczono także wiele informacji przydatnych w praktyce.