Jama ustna składa się z licznych nisz ekologicznych kolonizowanych przez różnorodne drobnoustroje. Bakterie, grzyby i wirusy, otoczone macierzą zbudowaną z polimerów cukrowych i białek, tworzą przestrzenne, zorganizowane struktury określane mianem biofilmu bakteryjnego. Czynnik ten odgrywa istotną rolę w patogenezie większości schorzeń jamy ustnej.